Ο Γιάννης Αλαφούζος είναι ένας άνθρωπος ιδιαίτερα ευαισθητοποιημένος σε θέματα προστασίας του περιβάλλοντος και προσφοράς στον συνάνθρωπο. Από το 1989, παράλληλα με την έντονη επαγγελματική του δραστηριότητα στα Μέσα Μαζικής Ενημέρωσης και τη Ναυτιλία, έχει επιδείξει ιδιαίτερη ευαισθησία σε θέματα που άπτονται της προστασίας του περιβάλλοντος. Για πρώτη φορά ραδιοφωνικές και τηλεοπτικές εκπομπές ενθαρρύνουν την ιδιωτική εθελοντική πρωτοβουλία δίνοντας υπόσταση σε μια μεγάλη αλυσίδα ενεργών πολιτών για την προστασία του περιβάλλοντος.
Το 1990 διοργανώνεται η πρώτη μεγάλη δενδροφύτευση στο Πεντελικόν Όρος με την εθελοντική υποστήριξη 30.000 πολιτών, ενώ στο πέρασμα των χρόνων ακολούθησαν δενδροφυτεύσεις -εντός και εκτός Αττικής- με αποτέλεσμα μέχρι σήμερα να έχουν φυτευτεί πάνω από 1.700.000 δένδρα σε ολόκληρη τη χώρα. Παράλληλα, δράσεις, όπως καθαρισμοί αστικών και περιαστικών δασών, καθαρισμοί παραλιών, ανακυκλώσεις, ποτίσματα, ανήκουν στον καθημερινό σχεδιασμό ενεργειών του ΣΚΑΪ.
Ταυτόχρονα, η αγάπη του Γιάννη Αλαφούζου για το περιβάλλον ανέδειξε δημοσιογραφικά μεγάλα θέματα, όπως τα παράνομα Λατομεία της Πεντέλης, όπου με νυχτερινές περιπολίες και με μια μικρή ομάδα δημοσιογράφων αποκαλύφθηκε η λαθραία εξόρυξη μαρμάρων.
Μια ακόμα προσπάθεια του Γιάννη Αλαφούζου για την προστασία και διατήρηση του φυσικού περιβάλλοντος ήταν η επαναχάραξη της περιφερειακής οδού του Υμηττού. Με τη βοήθεια των κατοίκων της περιοχής φυτεύτηκαν 50.000 δένδρα ακριβώς στο σημείο όπου είχε αρχικά χαραχθεί ο δρόμος, ενώ το απόγευμα της ίδιας ημέρας είχε διοργανωθεί μεγάλη συναυλία στο εργοτάξιο με τη συμμετοχή της αείμνηστης Μελίνας Μερκούρη και των Μαρία Φαραντούρη και Γιώργου Νταλάρα. Αποτέλεσμα των δράσεων αυτών ήταν η υπαναχώρηση του αρμόδιου Υπουργείου και η οριστική «βύθιση» του δρόμου αφήνοντας ανέπαφο το δάσος.
Το 2008, με αφορμή τις μεγάλες πυρκαγιές, ο ΣΚΑΪ διοργανώνει συναυλία για την προστασία των δασών στο Καλλιμάρμαρο με τη συμμετοχή μεγάλων Ελλήνων ερμηνευτών. Με τα έσοδα από τη συναυλία αγοράστηκαν 11 πυροσβεστικά οχήματα τα οποία παραδόθηκαν σε δασαρχεία και εθελοντικές ομάδες πυροπροστασίας. Ακόμη, αγοράστηκε το εκκοκκιστήριο της Αμυγδαλέζας για την ειδική επεξεργασία σπόρων προκειμένου να δημιουργηθεί το φυτώριο της Πάρνηθας.
Η Υπογραφή του Μνημονίου συνεργασίας του ΣΚΑΪ με το «Μουσείο Φυσικής Ιστορίας ΓΑΙΑ» για την εσαεί υποστήριξη του έργου του Μουσείου ήταν ένα ακόμα δείγμα την κοινωνικής ευαισθησίας του Γιάννη Αλαφούζου.
Σήμερα είναι πρόεδρος και εμπνευστής του Αστικού Μη Κερδοσκοπικού Φορέα «Όλοι Μαζί Μπορούμε» που στόχο έχει την μέριμνα ευπαθών ομάδων της ελληνικής κοινωνίας. Ο φορέας βασίζεται στις προσφορές σε είδος καθώς και στην εθελοντική εργασία, απαγορεύεται δε από το καταστατικό του η διαχείριση χρημάτων.
Το «Όλοι Μαζί Μπορούμε» σχεδιάζει και υλοποιεί δράσεις που καλύπτουν ένα ευρύ φάσμα τομέων, όπως την κοινωνική πρόνοια, την υγεία, την εργασία, την εκπαίδευση και το περιβάλλον. Αναλυτικότερα, δράσεις συγκέντρωσης τροφίμων, φαρμάκων και ρούχων για τους ανθρώπους που τα έχουν ανάγκη, χορήγησης υποτροφιών για παιδιά που θέλουν να σπουδάσουν και δεν μπορούν λόγω οικονομικών δυσκολιών, καθώς και δράσεις για την προστασία του περιβάλλοντος όπως δενδροφυτεύσεις, ποτίσματα και καθαρισμοί θέτουν ως στόχο την άμεση ανακούφιση των ευπαθών κοινωνικά ομάδων καθώς και την προστασία του περιβάλλοντος.
Η πρωτοβουλία «Όλοι μαζί μπορούμε» έχει βραβευτεί με τιμητική διάκριση από την ένωση «Μαζί για το παιδί», για την υποστήριξη των σκοπών της ένωσης από το AHEPA με τιμητική διάκριση για την κοινωνική της δράση, ενώ το 2013 απέσπασε το βραβείο «European CSR Award» στο πλαίσιο των «Ευρωπαϊκών Βραβείων Εταιρικής Κοινωνικής Ευθύνης».